根据《方案》，北大港湿地自然保护区将以人与自然和谐发展为主旨、以湿地保护为重点、以鸟类保护为核心、以观鸟赏景为特色，实施水系连通工程，科学调度水资源，全面监测水位水质，利用增殖放流等生物措施、人工浮岛等科技手段，恢复适生水生植物群落，构建完整的水生态系统，确保保护区水质达到国家要求标准；同时统筹考虑自然生境和人工辅育管理，营造浅滩岛，丰富食物链，建设人工保育措施，改善候鸟栖息地生境；并提高日常巡护及数据采集能力，实现数字化巡护；以改善水质为前提，实施增殖放流、天然养殖、跟踪监测、适度打捞、轮捕轮放，建立野生动物食源管理机制；此外合理安排共管专项，建立基于湿地与野生动物资源的社区共管体系，引导企业、集体、社区主动参与资源共建共管。
